Διακρίνεται σε συγγενή και επίκτητο. Ο συγγενής οφείλεται σε αγενεσία ή αποτυχία μετανάστευσης του θυρεοειδούς στη φυσική του θέση κατά την εμβρυική ζωή, σε διαταραχή σύνθεσης θυρεοειδικών ορμονών και σε ανεπάρκεια ιωδίου. Αποτελεί ένα από τα λίγα αίτια νοητικής υστέρησης που μπορούν να προληφθούν, πράγμα το οποίο γίνεται με τον προληπτικό νεογνικό έλεγχο ρουτίνας (Guthrie test ). Η έγκαιρη θεραπεία επιτυγχάνει καλά επίπεδα νοητικής ανάπτυξης και συνίσταται στη δια βίου χορήγηση θυροξίνης. Στα βρέφη αυτά υπάρχει και μια μικρή αύξηση της συχνότητας και άλλων συγγενών ανωμαλιών, συνήθως καρδιακών. Τα κλινικά χαρακτηριστικά του υποθυρεοειδισμού κατά τον πρώτο μήνα της ζωής συνίστανται σε προβλήματα στη σίτιση, τη θρέψη και την ανάπτυξη, βραχνό κλάμα, μεγάλη γλώσσα, δυσκοιλιότητα, ομφαλοκήλη, αδρά χαρακτηριστικά προσώπου, ψυχρό, ξηρό δέρμα και παρατεινόμενο ίκτερο.

Ο επίκτητος ή νεανικός υποθυρεοειδισμός οφείλεται συνήθως σε αυτοάνοση θυρεοειδίτιδα. Είναι συνηθέστερος στην εφηβική ηλικία και στα κορίτσια. Τα κλινικά χαρακτηριστικά είναι η καθυστέρηση της ανάπτυξης, της εφηβείας και της οστικής ηλικίας, η δυσανεξία στο κρύο με ψυχρά άκρα, η ξηροστομία , η βρογχοκήλη, η παχυσαρκία, η δυσκοιλιότητα και οι μαθησιακές δυσκολίες. Ορισμένα παιδιά παρουσιάζονται με κεφαλαλγίες και προβλήματα όρασης. Η θεραπεία και εδώ είναι η υποκατάσταση με θυροξίνη.